原因

転送先Google Spreadsheetsでデータを追記する場合、Google Sheets APIにて転送先シートの既存データを検索してデータの範囲を判定します。
シートにフィルターが適用されていると、フィルターによって表示されている範囲を既存データの範囲として判定し、その状態の最終行からデータを追記しようとします。 本来の最終行がフィルターによって非表示になっている場合、隠れている既存データ行に対して上書きしてしまう現象が発生します。

対処法

TROCCOからデータを転送するシートでは、フィルターを解除した状態でご利用ください。
データの閲覧や分析などでフィルター機能が必要な場合は、転送用のシートとは別に閲覧用のシートを作成し、そちらでフィルターをご利用いただく運用をご検討ください。