ファイル転送時に環境依存文字 (例：﨑、髙、𠮷) が文字化けしてしまう

転送設定のStep2の文字コードの設定を確認してください (転送設定を編集 > Step2 > 出力オプション)。

一般的に「Shift-JIS」よりも Shift-JIS を拡張した Microsoft 独自のコードページ MS932 (CP932 / Windows-31J) の方が、「﨑」「髙」などの JIS にはない文字をサポートしていることが多いです。
TROCCOでは、転送設定で MS932 を指定することで改善するケースがあります。