転送元からカラムが削除された場合、カラム定義から対象カラムを削除すれば反映されますか？

転送元のカラム削除は、カラム定義から対象カラムを削除しただけでは反映されません。
削除を反映させるには、STEP2 のカラム定義画面の右上にある 「カラム定義を再読み込み」 を実行してください。
これにより、転送元の最新のカラム状態がカラム定義に反映されます。

「カラム定義を再読み込み」がない転送元コネクタの場合は、STEP1からSTEP2に遷移する際の「自動データ設定」を実行して、転送元のスキーマの変更を反映することが可能です。

自動データ設定とカラム定義を再読み込みに関しては、以下のFAQも参考にしてください。
（参考）自動データ設定はどのようなときに使えばいいですか？