エラー

Error: org.embulk.config.ConfigException: please check your configuration
[ERROR] (0001:guess): total record and unique number of unique column values are different.
[ERROR] (0001:guess): total records: xxx, unique number of RECORDTYPE values: 1

原因

「レポート内で一意の値を持つカラム」として指定した項目（上記のエラーの場合は RECORDTYPE）に、重複する値が含まれているためです。
仕様上、この設定項目にはすべてのレコードで一意（ユニーク）となる値を指定する必要があります。

対処法

Salesforceのレポート側に商談IDなどの一意となるようなカラム（ID項目）を追加し、そのカラムを「レポート内で一意の値を持つカラム」に指定し直してください。