%表記の百分率のデータを小数点に変換することはできますか

転送設定のみではできません。しかしデータマート機能を利用することで実現可能です。

出力オプションにてカラム設定できる、並びに転送先がデータマート定義を利用できるDWHである場合に限ります。

1. 転送設定のSTEP2データ設定タブ内「文字列 正規表現置換」で元データから%を除去する
   1. 正規表現パターンに%を入力
   2. 置換させる文字列は空白で大丈夫です
2. 出力オプションタブ内「カラム設定」にて該当のカラムのデータ型をFLOATに設定
3. TROCCOのデータマート定義を作成、クエリで百分率の計算を行う（例：col1 / 100）

（参考）データマート - Google BigQuery