エラー

(Error) failed during waiting a Query job, get_job(***, embulk_query_job_***), errors:[{:reason=>"invalidQuery", :message=>"UPDATE/MERGE must match at most one source row for each target row", :location=>"query"}]

原因

マージキーに設定したカラムの値が一意（ユニーク）ではない可能性があります。
既存テーブルのレコードに重複したレコードが存在している可能性があります。

対処法

複数設定は可能ですので、全レコードを見て、組み合わせが一意となるカラム名を設定してください。
マージキーとして適切なカラムの見つけ方は全てのレコードを見て確認する、またはクエリなどを用いてユニークなカラムの組み合わせを見つけてください。

また、既存テーブルのレコードに重複したレコードが存在している場合も同様のエラーが発生します。
そのためまずは既存テーブル内にマージキーに設置したカラムの組み合わせで重複しているデータがないか確認してください。